Dan yang paling berpengaruh di dalam membentuk kepribadian beliau adalah Guru mulia Al-Imam Al-Allamah Al-Hafizh Al-Arifbillah Sayyidi Syarif Al-Habib Umar bin Muhammad bin Hafidh bin Syeikh Abu Bakar bin Salim.
Habib Munzir memiliki penyakit asthma kronis sejak kecil dan sering keluar-masuk rumah sakit. Pada tahun 2012 ia pernah dirawat di RSCM Jakarta karena penyakit radang otak. Habib Munzir dinyatakan wafat secara medis saat berada di RSCM pada taggal 15 September 2013 jam 15:30 WIB. Sebelum meninggal, Habib Munzir juga pernah dioperasi karena ada cairan di perutnya.
Penyakit tersebut sempat menganggu aktivitas Habib Munzir dalam berdakwah. Meskipun sedang dirundung rasa sakit, soal urusan dakwah, Habib Munzir, menurut kakaknya Nabil, tidak pernah memikirkan sakitnya. Habib Munzir pernah memakai kursi roda saat berdakwah, bahkan pernah memakai tempat tidur khusus dari rumah sakit. di tahun 2012 sempat dilakukan penyedotan lemak pada tubuhnya.
Menurut penuturan yang ditulis di blog pribadinya, ia sempat bermimpi bertemu dengan Nabi Muhammad SAW. “Saya sangat mencintai Rasulullah SAW, menangis merindukan Rasulullah SAW, dan sering dikunjungi Rasululullah SAW dalam mimpi, Rasul selalu menghibur saya jika saya sedih, suatu waktu saya mimpi bersimpuh dan memeluk lutut beliau dan berkata wahai Rasulullah SAW aku rindu padamu, jangan tinggalkan aku lagi, butakan mataku ini asal bisa jumpa denganMu ataukan matikan aku sekarang, aku tersiksa di dunia ini.
Rasulullah SAW menepuk bahu saya dan berkata , “Munzir, tenanglah, sebelum usiamu mencapai 40 tahun kau sudah jumpa denganku maka saya terbangun,”
Saat sedang berkumpul bersama keluarga di rumahnya, habib Munzir masuk kamar mandi sejak siang namun sampai sore hari tidak juga keluar. Keluarganya mendobrak pintu kamar mandi dan menemukan habib Munzir sudah tergeletak di lantai tidak sadar.
Tampilkan Semua